A seleção sul-sudanesa de futebol sub-20 representa o Sudão do Sul nas competições de futebol internacionais para equipes sub-20. A equipe é controlada pela Federação de Futebol do Sudão do Sul, o órgão regulador do futebol no Sudão do Sul.
O Sudão do Sul estreou no Campeonato Africano Sub-20 em 2019, depois de se classificar pela primeira vez para a competição. A equipe terminou em último lugar em seu grupo, perdendo todos os três jogos.
O Sudão do Sul não conseguiu se classificar para o Campeonato Africano Sub-20 de 2021.
Os jogadores mais notáveis da seleção sub-20 do Sudão do Sul incluem Thomas Deng, Mohamed Abdelrahman e Peter Maker.
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