Comoros Sub20 é uma equipe de futebol formada por jogadores com menos de 20 anos que representam as Ilhas Comores em competições internacionais. A equipe é administrada pela Federação Comoriana de Futebol (FCF).

A Comoros Sub20 fez sua estreia internacional em um torneio amistoso em 2015, onde enfrentou adversários como a Tanzânia e o Quênia. Em 2017, a equipe participou do Campeonato Africano Sub-20 de 2017, realizado na Zâmbia, onde foi eliminada na fase de grupos após perder para a Nigéria, a Gâmbia e a Guiné-Bissau.

Em 2019, a Comoros Sub20 participou do Campeonato Africano Sub-20 de 2019, realizado no Níger, onde foi novamente eliminada na fase de grupos após perder para o Senegal, a Nigéria e a África do Sul.

A equipe ainda não se classificou para a Copa do Mundo FIFA Sub-20.